Pierwsza informacja o kościele pochodzi z 1357 roku. Początkowo świątynia pw. Wszystkich Świętych, została w czasach reformacji w 1524 roku zajęta przez protestantów. W 1654 roku katolicy otrzymali prawo do odbudowy kościoła.

W następnych latach obiekt był wielokrotnie niszczony, m.in. przez Szwedów w 1632 roku, a w 1759 przez Kozaków. Dziesięć lat później kościół został odbudowany dzięki fundacji pułkownika Ludwika Ferdynanda Lichnowskiego. Wskutek częstych powodzi, które zagrażały życiu mieszkańców Wilkowa, zmieniono wezwanie kościoła i powierzono go pod opiekę św. Jana Nepomucena.

W prezbiterium kościoła zachowała się drewniana figura św. Jana Nepomucena oraz renesansowe epitafium. U podstawy wieży wmurowane w ścianę jest drugie epitafium.