Pierwsze wzmianki dotyczące hodowli dzikich zwierząt pochodzą z 1406 roku, kiedy to do Krakowa sprowadzono parę lwów z Florencji. Jako lokalizację pod przyszłe zoo wybrano polanę w środkowej części Lasu Wolskiego, w 1927 roku. Otwarcie ogrodu nastąpiło 6 lipca 1929. W uroczystości brał udział ówczesny Prezydent Rzeczypospolitej, profesor Ignacy Mościcki. W dniu otwarcia w zoo zamieszkiwało: 98 sztuk ptaków, 94 sztuki ssaków i 12 sztuk gadów.