Parafia w Wójcinie została ustanowiona na przełomie XIII i XIV w. a obecny kościół pw. św. Jana Chrzciciela jest czwartym z kolei w tej parafii. Został zbudowany w 1916 r. w stylu neobarokowym i konsekrowany w 1924 r.

Wewnątrz, częściowo zachowało się wyposażenie z wcześniejszego kościoła drewnianego (z 1734 r.). Krucyfiks znajdujący się w ołtarzu głównym i dwa ołtarze boczne pochodzą z XVIII w. W ścianę kościoła wmurowano tablicę z 1883 r. poświęconą dwusetnej rocznicy zwycięstwa Jana III Sobieskiego pod Wiedniem.