Historia parafii w Kaczorach sięga 1652 roku, kiedy stał tu drewniany kościół pw. św. Małgorzaty. Po przejęciu przez protestantów obiekt z powodu zniszczeń został rozebrany jeszcze przed I wojną światową. Na jego miejscu w 1912 r. wzniesiono z kamienia i cegły nowy kościół. Koszty budowy ponieśli mieszkańcy gminy, zarówno katolicy jak i protestanci. W 1947 roku kościół przejęli katolicy. 28 kwietnia 1967 roku dekretem kardynała Stefana Wyszyńskiego Prymasa Polski powołano kościół rektorski a od 1 lipca 1971 została utworzona samodzielna parafia pw. św. Andrzeja Boboli.