Trwają spory co do daty powstania. Wg. jednych istniał w 1307r.- data dokumentu księcia raciborskiego Leszka mówiąca o przywilejach i nadaniu na rzecz mniszek dominikańskich w Raciborzu gruntów leżących między zamkiem, a kościołem lub kaplicą. Inni uważają, że został ufundowany z końcem XIII wieku. W tym czasie książę Przemysław ukończył budowę kaplicy na zamku w Raciborzu, mającej być wotum dziękczynnym z tytułu zakończenia sporu z Henrykiem Probusem.

Ranga kaplicy i jej usytuowanie wewnątrz zabudowań zamkowych wykluczała uczestnictwo w nabożeństwach poddanych, dla których wybudowano drewniany kościół pw. św. Jana Chrzciciela. W 1673r.,podczas pożaru miasta spłonął. Został odbudowany przez właściciela zamku hrabiego Jerzego Oppersdorfa w następnych latach. Rozbudowywany, dobudowano wieżę, dodano elementy wyposażenia i ołtarze, co znacznie zmieniało jego „oblicze”.

Na początku 1856r.,obok istniejącego drewnianego kościółka, rozpoczęto budowę nowego, w stylu neogotyckim, na kształcie krzyża. Jesienią 1860r.odbyły się tu pierwsze nabożeństwa. Kościół przetrwał w 1945r. bombardowanie, które dokonało znacznych zniszczeń w budowli. Po bombardowaniu uległ spaleniu, na szczęście wiele cennych detali zachowało się do dziś, m.in. witraże wykonane w monachijskiej firmie Mayer.

Kolejnym nieszczęściem była powódź w 1997r., kiedy to został zalany do wysokości około 1,5m. Po ustąpieniu wody usunięto zniszczenia. Pozostały „pamiątkowe” ślady na murach zewnętrznych.

Ważnym elementem świątyni jest zabytkowy, malowany na desce obraz Jezusa Cierpiętliwego z XVIIIw. będący obiektem kultu i pielgrzymek. Przedstawia cierpienie i ból Jezusa w sposób bardzo wyrazisty. Stara, drewniana świątynia pw. Św. Jana Chrzciciela została rozebrana i przeniesiona w marcu 1869r. do Zawady Książęcej koło Łęgu. Tam w 1992r. spłonęła od uderzenia pioruna.