Kościół św. Ducha zlokalizowany jest przy ulicy Długiej 3. Początki kościoła sięgają XIV wieku, kiedy to książę Janusz Starszy ufundował wraz ze szpitalem drewniany kościółek. Został on zniszczony podczas potopu szwedzkiego. W roku 1671 król Jan Kazimierz przekazał ruiny oraz przyległe grunty Ojcom Paulinom jako wyraz uznania za obronę Jasnej Góry. Około 1682 roku zakonnicy wybudowali w tym miejscu murowany budynek klasztorny, w którym utworzono szpital św. Ducha. Kościół wzniesiony został w latach 1707-17 według projektu Józefa Szymona Belottiego i Józefa Piaoli w stylu barokowym. W 1807 roku klasztor został przejęty przez wojska Napoleona Bonapartego - urządzono w nim magazyn i koszary. W 1819 zgromadzenie zostało rozwiązane, kościół przekazano Bractwu św. Benona, a istniejący szpital św. Ducha został przeniesiony na ulicę Przyrynek. W 1845 roku do świątyni dobudowano schody, a w 1963 roku przed kościołem ustawiono rzeźbę Najświętszej Marii Panny. W czasie powstania warszawskiego kościół uległ częściowemu zniszczeniu. W 1949 roku do Warszawy powrócili Ojcowie Paulini i z ich inicjatywy kościół został odbudowany. Restaurację świątyni ukończono w 1956 roku. Z kościoła św. Ducha co roku wyrusza warszawska pielgrzymka do Częstochowy na Jasną Górę.