Świątynia wybudowana została na początku XV wieku przez gdańskich żeglarzy. Początkowo była to tylko kaplica, później wybudowano jednonawowy kościół. Wieżę dostawiono po pożarze, który zniszczył budowlę w 1633 roku.

Na przestrzeni wieków kościół często zmieniał swoje przeznaczenie. Do połowy XVI wieku świątynia służyła katolikom, później budowla przeszła w ręce protestantów. Podczas wojen napoleońskich mieścił się tu obóz dla pruskich i rosyjskich jeńców. Po 1815 roku, gdy wybuch prochu spowodował znaczne zniszczenia, obiekt przestał pełnić funkcje sakralne. Kolejna odbudowa przekształciła byłą świątynię na bibliotekę i szkołę nawigacji. Podczas II wojny światowej gmach mieścił fabrykę plecaków. W 1945 roku budowla ponownie została częściowo zniszczona. Po wojnie Gdański Urząd Likwidacyjny przekazał kościół zakonowi oo. kapucynów jako rekompensatę za utratę kościoła i klasztoru we Lwowie. W ich rękach pozostaje do dnia dzisiejszego.

Ostatnio świątynia została poddana generalnej renowacji wnętrza. Jako jedyna w Gdańsku posiada renesansowy drewniany strop belkowy oraz wczesnobarokowy hełm przeniesiony z nieistniejącej Bramy św. Jakuba. We wnętrzu na uwagę zasługują ciekawe witraże.