Około 1300 r. postawiono najstarszą część kościoła, murowane prezbiterium stojącego dziś kościoła. Pod koniec XVI wieku kościół był przez krótki okres zajęty przez ewangelików i uległ zniszczeniom, ale po powrocie w ich władanie w 1643 r. został wyremontowany. W 1728 r. opisano znajdujący się od dawna w kościele obraz św. Walentego. „Chociaż ołtarz i obraz św. Walentego z dawna istniał w Miłobądzu, jednak kościelne akta o jakiejś nadzwyczajnej łaskawości nic nie donoszą. Dopiero w przeciągu przeszłego stulecia rozbudziło się powoli to nabożeństwo, które do dziś dnia się zachowuje".

W następnych latach rozkwitło ono bardzo i obraz uznano za łaskawy, a odpust zupełny w dzień św. Walentego (14 lutego) był wtedy udzielany na 7 lat. Rozszerzał się kult św. Walentego, który pod koniec XVIII wieku był obok św. Małgorzaty drugim przybranym patronem kościoła. Ta wielka cześć oddawana przez parafian Miłobądza św. Walentemu, przyniosła im "odpust zupełny po wsze czasy”, jakiego udzielił w 1802 r. papież Pius VII.