Wielkim orędownikiem powstania tej świątyni był syn arcyksięcia Austrii Karola Styryjskiego, Karol I Habsburg. Urodził się w 1590r.jako pogrobowiec (tak nazywano dziecko urodzone po śmierci ojca) w Grazu, gdzie spędził dzieciństwo wychowywany w duchu katolickim.

Jako najmłodszy z rodzeństwa oddany zostaje do zakonu jezuitów, gdzie stopniowo wspina się w hierarchii kościelnej otrzymując coraz to wyższe godności. W 1608 r., osiemnastoletni młodzieniec otrzymuje sakrę biskupa wrocławskiego i jako miejsce rezydowania wybiera Nysę, gdzie czuje się doskonale oddając się sprawom wiary i swojemu uwielbianemu zajęciu, jakim są polowania w okolicznych lasach.

Wojna trzydziestoletnia zmusza go jednak do opuszczenia ulubionego miejsca na krótko, ponieważ zostaje wygnany ze Śląska i chroni się na dworze króla Zygmunta Wazy. Powraca w 1622r. sprowadzając ze sobą jezuitów, którzy mają rozpocząć walkę o wzmocnienie pozycji kościoła katolickiego na Śląsku i przeciwstawić się rozwijającemu się protestantyzmowi tworząc w Nysie ośrodek kontrreformacji.

Jezuici, jako zakon doskonale wyedukowany mieli stworzyć w Nysie ośrodek edukujący młode pokolenie od szczebla uniwersyteckiego, poprzez pośrednie szczeble kształcenia katolickiego. Zakon osadzono w nieistniejącym klasztorze przy Rynku Solnym w Nysie, następnie przeniesiono do klasztoru i kościoła Piotra i Pawła w Nysie, aby wreszcie mógł osiąść i wykonywać swoje posługi, w nowo wybudowanej za czasów biskupa wrocławskiego Karola Ferdynanda Wazę w latach 1669-1686r. barokowej świątyni, będącej pierwszym kościołem jezuickim na Śląsku.

Kościół Wniebowzięcia NMP w Nysie, podobnie jak i inne świątynie, nie uchronił się przed nieszczęśliwymi zdarzeniami. Podczas oblężenia miasta przez wojska napoleońskie w 1807r. został spalony, a wraz z nim XVII wieczny ołtarz główny przedstawiający Wniebowzięcie Maryi. Z ołtarza zachowały się jedynie fragmenty. Świątynia została odbudowana w 1860r.

Jako ciekawostkę należy podać, że główny fundator i inicjator założenia Karol I Habsburg zmarł w drodze do Madrytu jadąc na spotkanie z królem Hiszpanii, gdzie został pochowany. Jego serce przywieziono do Polski i złożono Nysie. W każdą rocznicę śmierci pozłacana kapsuła jest wystawiana podczas mszy.