Kościół jest najstarszą świątynią Szczecina, wybudowano go w pierwszej połowie XIII wieku, na miejscu wcześniejszej drewnianej świątyni, spalonej w XII w. Jest to budowla salowa, wzniesiona z czerwonej cegły w stylu gotyckim.

Ciekawą ozdobą ścian zewnętrznych są maszkarony - twarze mieszkańców średniowiecznego Szczecina. W pierwszej chwili patrząc na nie wydają się identyczne, ale po dokładnym przyjrzeniu się okazuje się, że każda twarz jest inna. Drugim ciekawym elementem znajdującym się na północnej ścianie kościoła jest skarbona jałmużnicza z XV w., z otworem dla datków. Po jej obu stronach znajdują się dwie płaskorzeźby z XIV w. z patronami kościoła: świętym Piotrem i świętym Pawłem.

Najciekawszą ozdobą świątyni jest plafon z 1703 r., dzieło Philippa Ernsta Eichnera. Plafon wykonany jest techniką olejną i pokazuje trzy sceny, które oddzielone są od siebie słowem "SANCTUS". Pierwsza scena przedstawia wizję końca świata, druga Sąd Ostateczny, trzecia szczęście zbawionych, plafon ma wymiary 27 x 3 m, całość ozdobiono złotymi liśćmi akantu. Od 1946 kościół należy do Kościoła Polskokatolickiego. W 1960 dokonano gruntownego remontu świątyni.