Wystawa "Wawel zaginiony" obejmuje najstarsze zachowane budowle Wawelu, m.in. rotundę św. Feliksa i Adaukta - zabytek w stylu romańskim. W sieni i podziemiach dawnych kuchni królewskich zostały umieszczone: makieta zabudowy wzgórza wawelskiego w końcu XVIII w. oraz plansze, na których przedstawiono modele (hipotetyczne) dwóch pierwszych katedr i innych budowli znajdujących się kiedyś na Wawelu. Warto zobaczyć tu również  lapidarium renesansowej kamieniarki oraz zbiór kafli z pieców zamku.