Kościół św. Marcina (ewangelicko-augsburski) został wybudowany w latach 1638-1644 dla karmelitanek bosych. Już jednak w XII w stał na tym miejscu kościół, przy którym działał szpital św. Marcina będący przytułkiem dla starych księży.

W 1783 r. przytułek ten przeniesiono do Duchaków, którzy swoje szpitale mieli przy kościele św. Ducha, a potem przeniesieni zostali do zabudowań klasztornych kościoła św. Marka. Siostry karmelitanki zostały sprowadzone w 1612 r. i znalazły miejsce zamieszkania na przeciw kościoła św. Marcina, potem jednak zamieniły się pomieszczeniami z księżmi emerytami. To one wynajęły Jana Trevano, architekta nadwornego Zygmunta III Wazy, aby zbudował im kościół, podobny do sąsiedniego jezuitów.

Od 1725 r. zakonnice mieszkają jednak przy ulicy Kopernika, a w 1816 kościół ten został przekazany parafii ewangelicko-augsburskiej. Na miejscu dawnego klasztoru karmelitanek wzniesiono nowy dom gminy ewangelickiej (1909-1911). W głównym ołtarzu znajduje się obraz Henryka Siemiradzkiego "Uciszenie burzy na morzu", a powyżej najstarszy krucyfiks w Krakowie z 1380 r. Znajdziemy tu w kościele tablicę pamiątkową ku czci Mikołaja Reja, który był ewangelikiem. Nad wejściem do kościoła napis "Na próżno żyje ten, kto nikomu nie przynosi pożytku".