Pierwotny, romański kościół św. Floriana z 1185 r., został ufundowany przez Kazimierza Sprawiedliwego i biskupa Gedkę. Według legendy mieszkańcy wyszli przed miasto powitać relikwie (były tu pastwiska miejskie), konie zatrzymały się w tym miejscu i nie chciały ruszyć na Wawel do momentu, kiedy biskup nie obiecał, że w tym miejscu powstanie kościół ku czci świętego. Został więc wybudowana pierwsza romańska światynia, a wokół powstała osada Florencja. Osada rozrosła się i Kazimierz Wielki lokował tu miasto w 1366 r ., którego nazwę zmieniono na Kleparz.
Kościół wielokrotnie ulegał wraz z miastem pożarowi, a w 1528 roku w czasie pożaru widziany był w chmurach św. Florian ze skopkiem w rękach lejący wodę na świątynię - odtąd św. Florian stał się patronem od pożaru. Obecny barokowy kosciół powstał w XVII w., ale uległ częściowemu zniszczeniu w XVIII w podczas konfederacji barskiej, stąd wyposażenie z tego okresu. Wieże zaś kościoła podwyższono dopiero na początku XX w. Wewnątrz ołtarz główny z XVII w., a w nim obraz wykonany przez Trycjusza- malarza nadwornego Jana III Sobieskiego przedstawiający św. Floriana na tle ówczesnego Kleparza. Przy łuku tęczy z prawej strony ołtarz z obrazem Matki Boskiej Brzemiennej.
Szczególne miejsce w kościele zajmuje kaplica św. Jana Kantego. Znajduje się tu chorągiew kanonizacyjna oraz obraz przedstawiający Jana dokonującego cudu "zlepienia" rozbitego dzbana. Kaplica znajduje się po lewej stronie, zaś po prawej w kaplicy św. Anny, widzimy częściowo zrekonstruowany tryptyk z kościoła św. Scholastyki (nie istnieje) poświęcony św. Janowi Chrzcicielowi. Pierwotnie ten tryptyk znajdował się w jednej z kaplic kościoła Mariackiego. Szczególne miejsce zajmuje ołtarz św. Walentego przeniesiony ze zburzonego w XIX w kościoła pod tym wezwaniem. Znajdował się on niedaleko w obrębie Kleparza i obok niego był szpital dla trędowatych kobiet. W lutym gromadzi tu się młodzież "zakochana ", by oddać cześć relikwiom świętego.
W skarbcu przechowywany jest też relikwiarz podarowany przez Władysława Jagiełłę zdobyty w bitwie pod Grunwaldem. Kościół ten od czasów Batorego należał do Akademii Krakowskiej. Stąd zaczyna się słynna Droga Królewska, ponieważ w tym właśnie miejscu władcy byli witani przez profesorów. Stąd także ruszały kondukty żałobne kilku królów, a w XIX w. przez wiele miesięcy oczekiwało na pogrzeb sprowadzone ze Szwajcarii ciało Kościuszki. Tu w starym domu należącym do parafii Adam Chmielowski urządził pierwszą wigilię dla bezdomnych. Kościół był także pierwszą parafią w Krakowie Karola Wojtyły - to tu powstały jego grupy z którymi wyjeżdżał w góry lub na kajaki. W jednej z kaplic możemy zobaczyć piuskę podarowaną przez Ojca św. Kościół jest Bazyliką Mniejszą.