Zakon Braci mniejszych kapucynów założył św. Franciszek z Asyży. Sama nazwa kapucyn pochodzi od charakterystycznego kaptura zakończonego szpicem (cappuccio), który mają na głowie zakonnicy. W Polsce zakon pojawił się w XVII wieku dzięki rodzinie Sobieskich. Do Łomży zakonnicy przybyli w 1763 roku. Po wykupieniu klasztoru benedyktynek, bracia mniejsi, bo tak się sami nazywają, na stałe zadomowili się w mieście.

Około 1772 roku zbudowano dla zakonu nowy klasztor, a w 1798 odbyła się konsekracja nowego kościoła pod wezwaniem Matki Boskiej Bolesnej. W 1925 roku przy zakonie zbudowano Kolegium Fidelisa, gdzie kształcono w gimnazjum i seminarium duchownym przyszłych kandydatów do zakonu.