Fundację cerkwi w Boćkach należy lokować z początkiem XVI w., gdyż w 1520 r. został pogrzebany Iwan Semenowicz Sapieha wojewoda podlaski, którego zwłoki syn jego Paweł przeniósł do Kodnia. Tablica upamiętniająca to wydarzenie zachowała się do dzisiaj w dawnej cerkwi (dziś kościół) na zamku.
Według Księgi poborowej z 1577 r., uposażenie „cerkwi ruskiej 2 wolne włóki i dom w mieście”. Odnotowano, że w 1627 r. w cerkwi znajdowała się księga do nabożeństwa „Triod'” krakowskiego wydania z 1491 roku. „Wizyta” z 1719 r. podaje o boćkowskiej świątyni, że była to „Cerkiew drzewniana stara w prasy opatrzona z Babincem do teyże Cerkwi przybudowanym”. Kolejna „Wizyta” z 1727 r. potwierdza wygląd cerkwi, dodając „Carskie Drzwi Snicerskiey sztuki”. Same Boćki na początku XVIII w. przeszły we władanie rodu magnackiego Branickich. Uposażenie ziemskie cerkwi zostało uszczuplone. Zachował się dokument, który w istotny sposób uzupełnia krzywdy wyrządzone cerkwi, datowany na 4.03.1760 roku i wydany przez żonę Józefa Sapiehy, Krystynę z Branickich, porządkując grunta cerkiewne i ustanawiając nowe ich granice.
Następny właściciel Bociek, a był nim hrabia Jan Potocki, w 1820 r. zbudował murowaną cerkiew.
W 1839 r. nastąpił powrót parafii z unii do Cerkwi prawosławnej. W 1847 r. liczba parafian wynosiła 1803 osób. W 1856 r. cerkiew wzbogaciła się o ikonę św. Antoniego Pieczerskiego i za zgodą władz duchownych ustanowiono na jego cześć święto parafialne w dniu 13 czerwca. Odremontowana cerkiew, ze wspaniałym ikonostasem, 25.03.1874 r. została poświęcona. Parafia należała do dekanatu drohiczyńskiego w diecezji litewsko-wileńskiej. Liczba wiernych w 1878 r. wynosiła 1696 osób.
Podczas I wojny światowej cerkiew uległa zniszczeniu podczas pożaru. Powracająca ludność z ewakuacji w 1920 r. przystosowała cerkiew, by można było odprawiać nabożeństwa. Władze państwowe w 1924 r. wyraziły zgodę, by cerkiew w Boćkach była filią parafii św. Michała w Bielsku Podlaskim. Dopiero w 1929 r. zmieniono status filii na samodzielną placówkę. Swoim zasięgiem parafia w Boćkach obejmowała również dawną parafię w Andryjankach. Należały do niej 2315 osoby.
Podczas II wojny światowej, w 1941 r., cerkiew parafialna ponownie uległa zniszczeniu. Pozostały tylko zakopcone i popękane ściany. Spłonęły budynki gospodarcze i dom psalmisty, ocalała jedynie plebania zbudowana w 1905 r. Dopiero w 1943 r. wznowiono odprawianie nabożeństw w odremontowanej cerkwi. Liczba wiernych wynosiła 2697 osób.
Okres powojenny niekorzystnie wpływał na stabilizację życia parafialnego, trwały walki o ustanowienie nowej władzy. Remonty budynków przeciągały się. W cerkwi urządzono boczny ołtarz św. Antoniego Pieczerskiego. Dopiero 25 września 1955 r. cerkiew w Boćkach poświęcono.
Pierwotny wygląd obiektu przywrócono w czasie gruntownej renowacji w latach 1999-2002. Poświęcenia cerkwi po remoncie kapitalnym dokonał metropolita warszawski i całej Polski Sawa w dniu 28 sierpnia 2002 roku. W 2003 r. świątynia jako pierwsza prawosławna cerkiew w Polsce i jako drugi obiekt zabytkowy na Podlasiu otrzymała tytuł Zabytku Zadbanego nadawany przez Generalnego Konserwatora Zabytków.
Jest to jedyna na terenie Podlasia prawosławna murowana cerkiew dwuwieżowa.
(Autor tekstu: ks. Grzegorz Sosna)