Gotycki, ceglany kościół realizowano etapami w latach 1343-1442. Świątynia jest halowa, trójnawowa, sześcioprzęsłowa, założona na planie wydłużonego prostokąta, orientowana. Zniszczona w 1945 r., została odbudowana w latach 1975-1981.
Ogrom kościoła świadczy o roli jaką w przeszłości odegrało Braniewo i o zamożności jego mieszkańców w minionych wiekach. Kościół jest miejscem kultu błogosławionej Reginy Protman, urodzonej w Braniewie w 1552 roku, założycielki największego na Warmii Zgromadzenia Sióstr Świętej Katarzyny.