Wznoszenie nowego kościoła i klasztoru rozpoczęli karmelici w latach 60. XV wieku. Nigdy nie udało się zrealizować planów budowy do końca. Powodem były wojny, religijne rozruchy i ciągły brak pieniędzy. Wejście do świątyni miało znajdować się tam, gdzie dzisiaj jest brama. Można sobie więc wyobrazić, jak duża miała to być budowla. Pierwotnie patronami kościoła zostali święci Eliasz i Elizeusz oraz Najświętsza Maria Panna. Wezwanie świątyni zmienione zostało w 1681 roku, kiedy to dzięki hojności Jana III Sobieskiego przeprowadzono remont mocno już zniszczonego kościoła. W trudnych czasach reformacji była to jedna z trzech gdańskich świątyń, w której odprawiano msze katolickie. Podczas II wojny światowej kościół i zabudowania klasztorne mocno ucierpiały. Zawaliły się gotyckie sklepienia i zniszczone zostało wyposażenie wnętrz. Jedyne oryginalne zachowane elementy to ołtarz św. Józefa, barokowa chrzcielnica i rokokowy konfesjonał. Proces odbudowy pokarmelickiego kompleksu trwał do 1970 roku. Obecnie gospodarzami obiektu są oblaci. (Betix)