Obecny kościół Dominikanów jest jedną z najstarszych budowli sakralnych Gdańska, ale nie jest pierwszą świątynią należącą do dominikanów. Pozostałości wcześniejszego, romańskiego kościoła i klasztoru odkryto podczas remontu starej hali targowej. Świątynia na przestrzeni minionych stuleci była wielokrotnie niszczona i okradana - zwłaszcza w okresie reformacji. W XVII wieku kościół otrzymał wspaniały, barokowy wystrój wnętrza, tak nietypowy dla Gdańska. W XIX wieku dominikanie zostali zmuszeni do opuszczenia miasta, wyburzono również przykościelne zabudowania klasztorne. Do czasu II wojny światowej kościół był w rękach katolików niemieckich, ale niemal zawsze równolegle do niemieckich, odprawiano tu także nabożeństwa w języku polskim. Czas II wojny światowej, tak okrutny dla większości zabytków, okazał się dla świątyni dość łaskawy. Kościół św. Mikołaja był jedyną ocalałą budowlą sakralną Śródmieścia. Zastanawiano się nawet jak to możliwe, że Rosjanie nie spalili tego, co ocalało po walce. Dominuje przekonanie, że to św. Mikołaj - tak czczony przez wyznawców prawosławia, powstrzymał ich przed zniszczeniem kościoła. Po wojnie, po 112 latach nieobecności, znów powrócili do Gdańska dominikanie, zadbali o świątynię i otoczyli swoją opieką mieszkańców miasta. (Betix)