Pierwszy kościół w Pogódkach powstał jeszcze przed 1258 r., w którym Sambor II sprowadził na to miejsce cystersów. Drewniana świątynia po wyprowadzce zakonników do Pelplina stała nieużywana, gdyż miejscowością parafialną był Koźmin. Parafianie powrócili do Pogódek pod koniec XVII w. i w latach 1701-1715 (znów pod opieką pelplińskich cystersów) wybudowali obecny kościół. Pierwotny, drewniany, istniał do 1723 r. Zachowany wystrój wnętrza ma jednolity, barokowo-rokokowy charakter; widać też w nim wpływy lokalnych warsztatów: ludowych i związanych z opactwem w Pelplinie.