Budowę zamku malborskiego rozpoczęto w latach 80. XIII w. po przeniesieniu tutaj z Zantyru siedziby krzyżackiego okręgu administracyjnego zwanego komturstwem. Pierwotnie zamek składał się z dwóch członów: zamku wysokiego, siedziby komtura i konwentu mnichów-rycerzy, oraz gospodarczego podzamcza, czym przypominał kilkadziesiąt innych warowni krzyżackich rozsianych po całych Prusach. Zasadnicze zmiany nastąpiły po 1309 r., od kiedy Malbork stał się nową siedzibą wielkiego mistrza zakonu, który przedtem rezydował w Ziemi Świętej, a przejściowo w Wenecji.
Wobec nowych potrzeb w 1. połowie XIV w. dotychczasowe podzamcze zostało gruntownie przebudowane na rezydencję zwierzchnika zakonu i jego dworu (obecnie tzw. zamek średni) a funkcje gospodarcze przeniesiono na nowe obszerne podzamcze, zwane odtąd zamkiem niskim. Z zabudowań zamku średniego warto zobaczyć najcenniejsze i najbardziej autentyczne jest skrzydło zachodnie, mieszczące prywatne apartamenty wielkiego mistrza i reprezentacyjny wielki refektarz, czyli jadalnię.
Siedziba zwierzchników zakonu przypomina donżon mieszkalny typu zachodnioeuropejskiego, w którego wyglądzie pobrzmiewają echa ówczesnej rezydencji papieskiej w Awinionie. Szczególnie efektowna jest fasada pałacu od strony Nogatu, flankowana dwoma narożnymi wieżyczkami, ale także z pozostałych stron wygląda on niezwykle malowniczo i jest to z pewnością najładniejszy fragment zamku. Na parterze tego budynku znajduje się kolejna atrakcja - wystawa obrazująca pracę istniejącej tam niegdyś kancelarii zakonnej, natomiast na piętrze zachowały się przestronne komnaty, w których mieszkali wielcy mistrzowie zakonu - dzisiaj niestety pozbawione zabytkowego wyposażenia.
Do pałacu przylega najokazalsze wnętrze zamkowe - wielki refektarz, który w okresie krzyżackim był miejscem wspaniałych uczt wydawanych na cześć różnych dostojnych gości. Na skutek osiadania fundamentów budowli od strony rzeki - co groziło całkowitym jej zawaleniem - ta największa sala zamkowa była przez ostatnich 25 lat zamknięta. Dopiero wzmocnienie całej konstrukcji pozwoliło na ponowne udostępnienie jej zwiedzającym od czerwca 2007 r. Pod refektarzem można zobaczyć zrekonstruowany piec średniowiecznego systemu grzewczego, podobny do rzymskiego hypocaustum. Rozgrzane powietrze z pieca było rozprowadzane po budynku specjalnymi kanałami, których ujścia znajdowały się w podłogach refektarza i poszczególnych komnat pałacu wielkiego mistrza.
Za refektarzem, w narożniku dziedzińca znajdowały się pomieszczenia infirmerii, czyli szpitala i przytułku dla zakonnych emerytów, które w połowie XV w. zaadaptowano na mieszkanie polskiego starosty. Obecnie w znajdujących się tam gotyckich wnętrzach, zrekonstruowanych na początku XX w. zaaranżowano wystawę sztuki nowożytnej nawiązującą do funkcji tych wnętrz w okresie staropolskim.
Wschodnie skrzydło zamku średniego, najbardziej zniszczone przez Prusaków i ostrzał artyleryjski w 1945 r., mieściło pierwotnie sypialnie dla licznie przybywających do Malborka gości wielkiego mistrza - dyplomatów i rycerzy pragnących wziąć udział w organizowanych przez zakon wyprawach krzyżowych. Obecnie są tam prezentowane dwie stałe wystawy, na które składają się eksponaty o niezwykłej wartości zabytkowej i materialnej, prawdziwy malborski skarbiec: imponujący zbiór różnorodnych militariów i unikatowa w skali europejskiej kolekcja wyrobów bursztynowych.