Karpacz należał pierwotnie do parafii Miłków. Msze św. odprawiano w tym okresie w szkole katolickiej, którą ufundował ks. Sommer. Szkole nadano  formę kaplicy. Obecnie jest to dom naprzeciw kościoła z dużym krzyżem i figurą Chrystusa.

Zezwolenie na kupno parceli pod budowę kościoła zostało wydane 19.06.1900 r. Ofiary na parcelę i budowę zbierał ks. Heinrich Hitschfeld. Budowę według projektu architekta Ludwika Schneidera z Wrocławia rozpoczęto 26.04.1909 r. W dniu 01.07.1909 r. dziekan z Jeleniej Góry, ks. Franz Forche, poświęcił kamień węgielny. Budowę zlecono mistrzowi murarskiemu z Kowar - Maxowi Steinerowi. Krzyż na wieży zamontowano 28.10.1909 r., a w dzień św. Anny, czyli 26.08.1910 r., kościół został poświęcony. Charakterystyczna sylwetka świątyni z cebulastym hełmem wieży nawiązuje do barokowego budownictwa tyrolskiego.

W roku 1979 ks. proboszcz Franciszek Schirmer zapoczątkował rozbudowę kościoła  według projektu architekta Antoniego Bila z Karpacza. Prace definitywnie zakończono w roku 1985.